金陵十三钗的结局命运是，慈姑叶希凡为了救九娘而殉情，九娘和小燕子得以逃脱。但最后九娘却因为受伤而死亡，小燕子则回到了原来的身份，成为了一个不起眼的妓女。其他十二位女子中，有些人生死未卜，有些则继续为了自己的故事而挣扎着。这个结局展示了清宫剧女性的悲剧命运，让观众对女性在封建社会中的地位感到深深的同情和不公。