《金陵十三钗》的故事背景为清朝咸丰年间，讲述了梅兰芳、荀慧生等人表演《长生殿》的故事，重点描写了京剧名角梅兰芳与一群女子的爱情、友情、家国情怀等情感故事。
故事情节如下：
在京城的宝华山庄中，梅兰芳带领着自己的徒弟和几位女孩子排演他们将要在紫禁城演出的京剧《长生殿》。这几位女孩子都是白家的十三个女儿，其中有红楼名媛金钏儿，花魁李纨和书生家女孟杨等。
在准备演出的过程中，梅兰芳与金钏儿之间的感情开始出现纠葛，荀慧生也对眼前这群女孩子们产生了兴趣。但在演出开始前，梅兰芳和李二娘之间发生了一些误会，梅兰芳向李二娘道歉后，两人的关系得到缓和。
之后，金钏儿得知了自己只是白玉堂一场游戏，感到受伤，离开了白家。荀慧生也在紫禁城内救护民众后，因为与慈禧太后的关系而被逮捕入狱。最后，在慈禧太后的特赦下，荀慧生和梅兰芳被释放出来。梅兰芳和金钏儿之间也得到了重归于好的机会，在演出中重逢。
整个故事通过京剧表演的情节，描绘了梅兰芳和女子们之间的纠葛和情感，展现了他们的友情、爱情和家国情怀等。同时也反映了时下社会的变革和文化的冲突，深刻地展现了妇女在封建社会中的艰辛与奋斗。