参与堆肥发酵的微生物主要包括以下几类：
1. 革兰氏阳性菌：如芽孢杆菌、乳酸菌、硝化细菌等。它们主要参与有机物的分解和产生一些有益物质，如氨气、硝酸盐等。
2. 革兰氏阴性菌：如细菌类、假单胞菌、霉变细菌等。它们可以参与有机物的分解，同时也会产生一些影响堆肥质量的有害物质。
3. 真菌：如拟青霉菌、木霉菌等。它们可以分解木质素、纤维素等难以降解的物质，促进有机物的分解。
4. 真核生物：如线虫、蠕虫等。它们可以对有机物进行咀嚼和消化，促进有机物分解。
这些微生物相互作用，共同参与有机物的分解和转化，最终使堆肥中的有机物转化为稳定的有机质和养分，为植物提供养分，改善土壤物理化学性质，提高土壤肥力。