北京二锅头的来历可以追溯到清朝。清朝早期，北京附近的房山地区就已发展出了制酒业。当时酿造的酒是高粱酒，多用于祭祀、婚礼等场合。随着时间的推移，京城中士绅官员习惯在宴席上饮用这种酒，渐渐地，高粱酒逐渐成为了京城宴席上的主流饮品。
19世纪末，一些经营高粱酒的酒坊开始制作麦酒、小麦酒等新型酒品，但由于技术水平不高，所制酒品味道较差。为了解决这一问题，酿酒师最终决定将高粱酒与麦芽酒混合起来，这便是北京二锅头的雏形。酿造时将麦芽烤干并拌入高粱酒中发酵，再通过蒸馏、贮存等技术制成二锅头。
到了20世纪初，北京二锅头已经成为了京城市民的主流饮品，并逐渐流传至其他地区，成为中国酒文化的重要组成部分。